以下の記事を参考にして、アンインストール順を決めています
Visual Studio 2012 のアンインストール手順 - Visual Studio サポート チーム blog - Site Home - MSDN Blogs

参考にした記事は2012用の物ですし「Microsoft Web Deploy」以降のアンインストール順は適当です
今の所問題は起きてませんが、参考にするなら自己責任でお願いします

初代→Update1→Update2→Update3とアップデートしている場合を考慮した複合リストとなっていますので、環境によっては存在しない物もあるかもしれません

アンインストール順

アンインストール順 表示名 with 備考
(1) Microsoft Visual Studio Community 2015 初代
(2) Microsoft Visual Studio Community 2015 with Updates Update3 Update1
(3) Microsoft Visual Studio Community 2015 with Update 2 Update2
(4) Microsoft SQL Server Data Tools - enu (14.0.50616.0) 初代
(5) Microsoft SQL Server Data Tools - JPN (14.0.50616.0) Update1 初代
(6) Microsoft SQL Server Data Tools - JPN (14.0.60311.1) Update2
(7) Microsoft SQL Server Data Tools - JPN (14.0.60519.0) Update3
(8) Microsoft SQL Server 2014 Management Objects (x64) Update3 Update2 Update1 初代
(9) Microsoft SQL Server 2014 Management Objects Update3 Update2 Update1 初代
(10) Microsoft SQL Server Compact 4.0 SP1 x64 ENU 初代
(11) Microsoft SQL Server Compact 4.0 SP1 x64 JPN Update3 Update2 Update1 初代
(12) Microsoft SQL Server 2014 T-SQL Language Service Update3 Update2 Update1 初代
(13) Microsoft SQL Server 2016 T-SQL Language Service Update3
(14) Microsoft SQL Server 2012 Command Line Utilities Update3 Update2 Update1 初代
(15) Microsoft SQL Server 2016 LocalDB RC0 Update2
(16) Microsoft SQL Server 2016 LocalDB Update3
(17) Microsoft SQL Server 2012 Native Client Update3 Update2 Update1 初代
(18) Microsoft SQL Server 2014 Transact-SQL ScriptDom Update3 Update2 Update1 初代
(19) Prerequisites for SSDT 初代
(20) SSDT に必要なコンポーネント Update3 Update2 Update1
(21) IIS 10.0 Express Update3 Update2 Update1 初代
(22) Microsoft Web Deploy 3.6 Update3 Update2 Update1 初代
(23) Application Insights Tools for Visual Studio 2015 Update3 Update2 Update1
(24) Entity Framework 6.1.3 Tools  for Visual Studio 2015 初代
(25) Entity Framework 6.1.3 Tools  for Visual Studio 2015 Update 1 Update3 Update2 Update1
(26) IIS Express Application Compatibility Database for x64 Update3 Update2 Update1 初代
(27) IIS Express Application Compatibility Database for x86 Update3 Update2 Update1 初代
(28) Microsoft Help Viewer 2.2 Update3 Update2 Update1 初代
(29) Microsoft System CLR Types for SQL Server 2014 Update3 Update2 Update1 初代 何故か同じ名称の物が存在①
(30) Microsoft System CLR Types for SQL Server 2014 Update3 Update2 Update1 初代 何故か同じ名称の物が存在①
(31) Microsoft SQL Server 2016 管理オブジェクト RC0 (x64) Update2
(32) Microsoft SQL Server 2016 管理オブジェクト RC0 Update2
(33) Microsoft SQL Server 2016 管理オブジェクト (x64) Update3
(34) Microsoft SQL Server 2016 管理オブジェクト Update3
(35) Microsoft System CLR Types for SQL Server 2016 RC0 Update2 何故か同じ名称の物が存在②
(36) Microsoft System CLR Types for SQL Server 2016 RC0 Update2 何故か同じ名称の物が存在②
(37) Microsoft System CLR Types for SQL Server 2016 Update3 何故か同じ名称の物が存在③
(38) Microsoft System CLR Types for SQL Server 2016 Update3 何故か同じ名称の物が存在③
(39) Microsoft ヘルプ ビューアー 2.2 言語パック - 日本語 Update3 Update2 Update1 初代
(40) TypeScript Tools for Microsoft Visual Studio 2015 1.5.3.0 初代
(41) TypeScript Tools for Microsoft Visual Studio 2015 1.7.6.0 Update1
(42) SSDT RC0 の前提条件 Update2
(43) SSDT の前提条件 Update3
(44) Microsoft SQL Server 2016 T-SQL ScriptDom RC0 Update2
(45) Microsoft SQL Server 2016 T-SQL ScriptDom Update3
(46) Microsoft SQL Server 2016 T-SQL 言語サービス RC0 Update2

他のアプリケーションから使われる可能性があるのでアンインストールせずほおっておく

アンインストール順 表示名 with 備考
× Microsoft .NET Framework 4.5 Multi-Targeting Pack Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.5.1 Multi-Targeting Pack Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.5.1 Multi-Targeting Pack (ENU) 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.5.1 Multi-Targeting Pack (日本語) Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.5.1 SDK Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.5.1 SDK (日本語) Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.5.2 Multi-Targeting Pack Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.5.2 Multi-Targeting Pack (ENU) 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.5.2 Multi-Targeting Pack (日本語) Update3 Update2 Update1 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.6 SDK Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.6 SDK (日本語) Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.6 Targeting Pack Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.6 Targeting Pack (ENU) 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.6 Targeting Pack (日本語) Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.6.1 SDK Update3 Update2 Update1 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.6.1 SDK (日本語) Update3 Update2 Update1 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.6.1 Targeting Pack Update3 Update2 Update1 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.6.1 Targeting Pack (ENU) Update3 Update2 Update1 ほおっておく
× Microsoft .NET Framework 4.6.1 Targeting Pack (日本語) Update3 Update2 Update1 ほおっておく
× Microsoft .NET Version Manager (x64) 1.0.0-beta5 Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft Silverlight Update3 Update2 Update1 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2012 Redistributable (x64) - 11.0.60610 Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2012 Redistributable (x86) - 11.0.60610 Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2013 Redistributable (x64) - 12.0.21005 Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2013 Redistributable (x86) - 12.0.21005 Update3 Update2 Update1 初代 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2015 Redistributable (x64) - 14.0.23026 初代 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2015 Redistributable (x64) - 14.0.23506 Update1 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2015 Redistributable (x64) - 14.0.23918 Update2 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2015 Redistributable (x86) - 14.0.23026 初代 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2015 Redistributable (x86) - 14.0.23506 Update1 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2015 Redistributable (x86) - 14.0.23918 Update2 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2015 Redistributable (x64) - 14.0.24210 Update3 ほおっておく
× Microsoft Visual C++ 2015 Redistributable (x86) - 14.0.24210 Update3 ほおっておく

Excelファイルダウンロード

上記のリストのExcelファイルです
vs2015_uninstall_list